12カ月払いを希望したのに、年度末までの請求がきました。間違いでは？

いいえ、間違いではありません。
前納払いを希望された方については、保険料率の関係があり、年度ごとのお支払いでしか保険料が徴収できません。そのため、退職月によって支払い期間が変わります。